जास्त आर्द्रता, कमी तापमान व अपुरा सूर्यप्रकाश अश्या वातावरणामुळे संत्रा झाडाच्या जमिनीलगतच्या फांद्यावरील पानांवर व फळांवर तपकिरी व काळ्या रंगाच्या बुरशीची लागण होते. कालांतराने फळे सडून त्यांची गळ होते. यासाठी उपाय म्हणून सर्वप्रथम खाली पडलेल्या पानांची व फळांची योग्य विल्हेवाट लावून बाग स्वच्छ करावी. त्याचबरोबर कॉपर ऑक्सि क्लोराईड @ २.५ ग्रॅम प्रति लिटर पाणी घेऊन फवारणी करावी. व जमिनीतून ट्रायकोडर्मा हार्जियानम १०० ग्रॅम व सुडोमोनास फ्लुरोसन्स १०० ग्रॅम १ किलो शेणखतात मिश्र करून प्रति झाडास द्यावे.