पावसाळा ऋतू जवळपास सगळ्याच रोगांच्या वाढीसाठी पोषक असतो, त्यामुळे कोणत्या ना कोणत्या कारणाने जनावरे विविध रोगांस बळी पडतात. पावसाळ्यात जनावरांच्या आरोग्यावर विपरीत परिणाम होऊ नये याकरिता व्यवस्थापनाच्या काही गोष्टींकडे कटाक्षाने लक्ष द्यावे. उदा. जनावरांचा गोठा नियमित स्वच्छ ठेवावा. गोठ्यात पावसाची सर येणार नाही किंवा छतामधून पाणी गळणार नाही याची दक्षता घ्यावी. गोठ्याच्या आजूबाजूला गवत किंवा झाडेझुडपे वाढू देऊ नयेत. वाढलेले दिसल्यास त्यांचा नायनाट करावा. पावसाळ्याच्या सुरवातीलाच जनावरांना कृमिनाशक औषधाची मात्रा द्यावी. जनावरांच्या गोठ्याचे, तसेच गोठ्याच्या आजूबाजूच्या जागेचे नियमित निर्जंतुकीकरण करावे. जनावरांना द्यावयाचे खाद्य पावसाच्या पाण्याने ओले होणार नाही याची काळजी घ्यावी.