सोयाबीन की अच्छी उपज के लिए खाद एवं उर्वरकों का उपयोग मृदा परीक्षण के आधार पर करें। सामान्तया अच्छी सड़ी हुई गोबर की खाद 20 क्विंटल प्रति एकड़ अंतिम जुताई के समय खेत में अच्छी तरह मिला दें तथा बुवाई के समय 50 किलोग्राम डीएपी, 25 किलोग्राम म्यूरेट ऑफ पोटाश एवं 6 किलो सल्फर प्रति एकड़ दें। यह मात्रा मिट्टी परीक्षण के आधार पर घटाई बढ़ाई जा सकती है। रासायनिक उर्वरकों को कूड़ों में बीज के नीचे भूमि में लगभग 5 से 6 से.मी. की गहराई पर डालना चाहिये। उर्वरक एवं बीज को आपस मे नहीं मिलाएं। जिंक की कमी वाली मिट्टी में जिंक सल्फेट 10 किलोग्राम प्रति एकड़ की दर से 3 वर्ष में एक बार उपयोग करना चाहिये।