जड गलन रोग की फफूंद जमीन में पनपती है जिसके प्रकोप से जड़ें काली पड़ जाती हैं, जिससे पौधे आवश्यक पोषक तत्व नहीं ले पाते तथा पौधे पीले होकर और मुरझाकर मरने लगते हैं। इस बीमारी के शुरूआती लक्षण पत्तों पर पीलापन दिखाई देना तथा पौधों का मुरझाना। ऐसे पौधों को जब उखाड़कर देखते हैं तो उनकी जड़ें काली मिलती है। इसके नियंत्रण के लिए बुवाई के पूर्व कार्बेनडाज़िम 2.5 ग्राम प्रति किलोग्राम बीज की दर से उपचारित करके बुवाई करना चाहिए।