• सामान्यत: बीटी कपाशीमध्ये नियमितपणे येणाऱ्या किडींची माहिती असल्यास त्यांचे प्रभावी नियंत्रण करणे शक्य होते. • यातील काही किडी केवळ काही विशिष्ट भागात वातावरण अनुकूल असल्यास दिसतात. अशा किडींच्या प्रादुर्भावामुळे पिकाचे आर्थिक नुकसान होते. • अशा किडींना इतर नियमित कीटकनाशकांनी नियंत्रित केले जाते. • मिरीड बग व रसशोषक किडी या किडी दक्षिणी राज्यांमध्ये अधिक प्रमाणात आढळतात. या किडी पाने व विकसित बोंडांमधील रस शोषण करतात परिणामी, बोंडे पक्ष्याच्या चोचीसारखे दिसतात. • पाने गुंडाळणारी अळी, हि अळी शेताच्या सभोवतालच्या झाडाच्या सावलीत वाढलेल्या झाडांवर आढळते. या अळ्या पाने दुमडतात आणि पाने खातात. • रसशोषक पतंग, रात्रीच्या वेळी बोंडांतील रसशोषण करतात. फळबागां शेजारील कापूस पिकामध्ये या किडीचा प्रादुर्भाव अधिक जाणवतो. • मॉस्क्युटो बग ही कीड भारतातील दक्षिणेकडील राज्यांमधून अधिक आढळतो. या किडी विकसनशील बोंडांमधून रसशोषक शोषतात परिणामी त्यांच्यावर डाग दिसतात. आजपर्यंत भारताच्या उत्तर व मध्य भागात या किडीचा प्रादुर्भाव आढळून आलेला नाही. • राखाडी (डस्की) कॉटन बग, हे किडे उमललेल्या बोंडांच्या बियाण्यामधून रसशोषण करतात. हे नुकसान खूपच गंभीर आहे व बियाणे उत्पादनासाठी लागवलेल्या कापूस पिकामध्ये आर्थिक नुकसान होते. • गॉल माशी, या किडीच्या अळ्या कापूरसाच्या फुलांमध्ये असलेल्या परागकणांवर उपजीविका करतात व विकसनशील कळ्यास नुकसान करतात. हि कीड भारताच्या दक्षिणेकडील राज्यांमध्ये आढळून येते. याचा फारसा प्रसार झालेला नाही. • कॉटन शूट विव्हिल या किडीची अळी विकसनशील कोंबात प्रवेश करते आणि आतील भाग खाते. • कॉटन बॉल विव्हिल, हि कीड विकसनशील कळ्या आणि बोंडे खाते. • कापूस फ्लिया बीटल, हि कीड कापूस पिकाच्या सुरुवातीच्या काळात आढळते. • फ्लॉवर चाफर बीटल, हि कीड कापसाच्या फुलांचे परागकण खाऊन नुकसान करते.