कांदा पिकाची मुळे उथळ असल्याकारणे कांदा पिकात योग्य वेळी खते देणे आवश्यक आहे. पिकाच्या अपेक्षित उत्पादनासाठी हेक्टरी २५ ते ३० टन चांगले कुजलेले शेणखत वापरावे. सेंद्रिय खतामुळे कांद्याची साठवण क्षमता वाढते. तसेच रोपांची पुनर्लागवड करण्यापूर्वी सिंगल सुपर फॉस्फेट @१२५ किलो + म्युरेट ऑफ पोटॅश @३० किलो + सल्फर ९०% @१० किलो प्रति एकर द्यावे. यामुळे रोपांची वाढ चांगली होते.