कांदा पिकाच्या रोपवाटिकेतील रोपांवर मर रोग हा फ्युजॅरियम बुरशीच्या प्रादुर्भावामुळे होतो. खरीप हंगामातील हवामान या रोगाच्या बुरशीच्या वाढीस अनुकूल ठरते. प्रादुर्भावग्रस्त रोपांची मान जमिनीलगत अचानक कुजून ती कोलमडलेली दिसतात. याच्या नियंत्रणासाठी रोपवाटिकेची जागा दरवर्षी बदलावी. रोपे गादीवाफ्या वरच तयार करावीत. तसेच प्रादुर्भाव दिसून आल्यास कार्बेन्डाझिम १२% + मॅंकोझेब ६३% डब्ल्यूपी घटक असणारे बुरशीनाशक @ २५० ग्रॅम प्रति एकर कांदा बियाणे टाकलेल्या क्षेत्रामध्ये जमिनीतून २०० लिटर पाण्यामध्ये मिसळून द्यावे.